COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 6.950712 6.950712 6.231510
2021-07-19 17:00:00 8.027585 8.027585 6.000949
2021-07-18 17:00:00 6.979911 6.979911 5.754439
2021-07-17 17:00:00 5.740192 5.740192 5.479462
2021-07-16 17:00:00 6.134372 6.134372 5.198680
2021-07-15 17:00:00 5.517970 5.517970 4.929597
2021-07-14 17:00:00 4.342564 4.342564 4.636344

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 3.182461 3.182461 2.529357
2021-07-19 17:00:00 4.934211 1.177394 2.561365
2021-07-18 17:00:00 3.159174 3.159174 2.523545
2021-07-17 17:00:00 1.696607 1.696607 2.486796
2021-07-16 17:00:00 1.839588 1.839588 2.495548
2021-07-15 17:00:00 4.310345 4.310345 2.568584
2021-07-14 17:00:00 3.296703 3.296703 2.608648

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 9.712230 3.597122 3.394836
2021-07-19 17:00:00 0.000000 0.000000 3.212318
2021-07-18 17:00:00 5.022831 5.022831 3.134854
2021-07-17 17:00:00 4.347826 4.347826 3.130129
2021-07-16 17:00:00 6.097561 6.097561 3.074466
2021-07-15 17:00:00 1.501502 2.222222 3.166816
2021-07-14 17:00:00 4.950495 4.950495 3.244141

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 1.674277 1.674277 3.041346
2021-07-19 17:00:00 6.113990 6.113990 2.890651
2021-07-18 17:00:00 2.719665 2.719665 2.910565
2021-07-17 17:00:00 3.455285 3.455285 2.793118
2021-07-16 17:00:00 4.466357 4.466357 2.738825
2021-07-15 17:00:00 1.882353 1.882353 2.699706
2021-07-14 17:00:00 2.779156 2.779156 2.624732

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 10.373998 10.373998 8.536673
2021-07-19 17:00:00 17.976190 6.738063 8.774098
2021-07-18 17:00:00 9.124907 9.124907 8.734371
2021-07-17 17:00:00 8.016167 8.016167 8.663133
2021-07-16 17:00:00 9.995100 9.995100 8.683082
2021-07-15 17:00:00 11.153480 11.153480 8.633376
2021-07-14 17:00:00 8.389112 8.389112 8.702778

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 8.932883 8.932883 12.838665
2021-07-19 17:00:00 21.791045 21.791045 12.453555
2021-07-18 17:00:00 20.604183 20.604183 12.038776
2021-07-17 17:00:00 11.010638 11.010638 11.572496
2021-07-16 17:00:00 14.556041 14.556041 11.059481
2021-07-15 17:00:00 12.261380 12.261380 10.532320
2021-07-14 17:00:00 6.324324 8.484409 9.876616

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 NaN 0.000000 1.280375
2021-07-19 17:00:00 1.566580 0.515464 1.385225
2021-07-18 17:00:00 1.760176 1.760176 1.400625
2021-07-17 17:00:00 1.737116 1.737116 1.462066
2021-07-16 17:00:00 2.233677 2.233677 1.512045
2021-07-15 17:00:00 1.704545 1.704545 1.579309
2021-07-14 17:00:00 3.281250 1.406250 1.646364

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 15.129971 12.286355 11.813831
2021-07-19 17:00:00 16.615620 16.615620 11.426913
2021-07-18 17:00:00 13.644264 13.644264 10.965427
2021-07-17 17:00:00 13.638843 13.638843 10.514358
2021-07-16 17:00:00 11.899006 11.899006 9.862591
2021-07-15 17:00:00 9.067557 9.067557 9.297238
2021-07-14 17:00:00 5.990783 5.990783 8.677141

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 3.691112 3.691112 2.918334
2021-07-19 17:00:00 4.628502 2.403542 2.828388
2021-07-18 17:00:00 3.951701 3.951701 2.748945
2021-07-17 17:00:00 2.476362 2.476362 2.611579
2021-07-16 17:00:00 3.018446 3.018446 2.486811
2021-07-15 17:00:00 2.254545 2.254545 2.343514
2021-07-14 17:00:00 2.534854 2.534854 2.215776

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 4.683544 4.683544 4.315734
2021-07-19 17:00:00 6.162963 4.384350 4.186402
2021-07-18 17:00:00 4.117385 4.117385 4.092986
2021-07-17 17:00:00 3.991616 3.991616 3.928913
2021-07-16 17:00:00 4.376920 4.376920 3.733184
2021-07-15 17:00:00 4.817906 4.817906 3.541497
2021-07-14 17:00:00 4.700090 4.700090 3.283321

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 4.173107 4.173107 3.893419
2021-07-19 17:00:00 7.396450 4.146730 3.698907
2021-07-18 17:00:00 4.129387 4.129387 3.626168
2021-07-17 17:00:00 4.048892 4.048892 3.519675
2021-07-16 17:00:00 4.224208 4.224208 3.399168
2021-07-15 17:00:00 3.300330 3.300330 3.363589
2021-07-14 17:00:00 4.109589 4.109589 3.343112

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 0.000000 0.000000 2.418466
2021-07-19 17:00:00 1.834862 0.539084 2.471936
2021-07-18 17:00:00 2.708333 2.708333 2.516865
2021-07-17 17:00:00 2.227723 2.227723 2.449725
2021-07-16 17:00:00 5.778894 5.778894 2.457400
2021-07-15 17:00:00 2.695418 2.695418 2.360102
2021-07-14 17:00:00 2.020202 4.761905 2.273260

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 15.725806 6.653226 7.391756
2021-07-19 17:00:00 2.631579 2.631579 7.348866
2021-07-18 17:00:00 9.933775 9.933775 7.412975
2021-07-17 17:00:00 13.229572 5.058366 7.432029
2021-07-16 17:00:00 7.042254 7.042254 7.547893
2021-07-15 17:00:00 11.224490 11.224490 7.337461
2021-07-14 17:00:00 9.090909 9.090909 7.121783

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 4.246575 4.246575 3.464317
2021-07-19 17:00:00 1.793722 0.668896 3.325322
2021-07-18 17:00:00 3.791469 3.791469 3.238943
2021-07-17 17:00:00 3.316327 3.316327 3.074391
2021-07-16 17:00:00 5.518395 5.518395 2.894425
2021-07-15 17:00:00 3.565891 3.565891 2.702278
2021-07-14 17:00:00 4.395604 4.395604 2.507242

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 2.780310 2.780310 2.047371
2021-07-19 17:00:00 1.535930 1.535930 2.003351
2021-07-18 17:00:00 2.260053 2.260053 1.948900
2021-07-17 17:00:00 1.113586 1.113586 1.831021
2021-07-16 17:00:00 2.680653 2.680653 1.745508
2021-07-15 17:00:00 2.543007 2.543007 1.687980
2021-07-14 17:00:00 1.758058 1.758058 1.608828

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 3.348681 5.342237 4.013793
2021-07-19 17:00:00 3.102310 3.102310 3.833018
2021-07-18 17:00:00 13.157895 4.755435 3.687864
2021-07-17 17:00:00 5.389222 5.389222 3.512031
2021-07-16 17:00:00 3.271693 3.271693 3.344622
2021-07-15 17:00:00 2.815013 2.815013 3.273233
2021-07-14 17:00:00 2.851588 2.851588 3.173246

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 6.875296 6.875296 6.100246
2021-07-19 17:00:00 2.402023 4.361800 5.864024
2021-07-18 17:00:00 10.949248 5.803571 5.716282
2021-07-17 17:00:00 7.229833 8.866076 5.449874
2021-07-16 17:00:00 5.615724 6.555842 5.189125
2021-07-15 17:00:00 4.942630 4.942630 4.898847
2021-07-14 17:00:00 6.198347 6.198347 4.535098

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 8.451998 12.339332 8.952605
2021-07-19 17:00:00 11.534025 6.791940 8.692531
2021-07-18 17:00:00 12.801014 12.801014 8.406717
2021-07-17 17:00:00 9.757754 9.757754 8.029621
2021-07-16 17:00:00 8.371286 8.371286 7.717395
2021-07-15 17:00:00 8.847118 8.847118 7.323479
2021-07-14 17:00:00 5.933251 5.933251 6.878358

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 3.434261 3.434261 3.758421
2021-07-19 17:00:00 9.488326 3.992475 3.585794
2021-07-18 17:00:00 5.746039 5.746039 3.418232
2021-07-17 17:00:00 4.517705 4.517705 3.236289
2021-07-16 17:00:00 3.532609 3.532609 3.065911
2021-07-15 17:00:00 3.402163 3.402163 2.902937
2021-07-14 17:00:00 1.837860 1.837860 2.686871

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 9.870130 5.086470 3.786019
2021-07-19 17:00:00 5.263158 2.087683 3.598050
2021-07-18 17:00:00 12.570356 3.283302 3.450295
2021-07-17 17:00:00 6.423983 6.423983 3.387350
2021-07-16 17:00:00 11.691023 3.340292 3.303035
2021-07-15 17:00:00 4.184100 4.184100 3.205523
2021-07-14 17:00:00 2.459016 2.459016 3.045383

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 1.282051 1.282051 0.733274
2021-07-19 17:00:00 0.000000 0.000000 0.686692
2021-07-18 17:00:00 0.913242 0.913242 0.682131
2021-07-17 17:00:00 0.904977 0.904977 0.614727
2021-07-16 17:00:00 2.358491 0.471698 0.564872
2021-07-15 17:00:00 0.000000 0.000000 0.521403
2021-07-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.498907

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-20 17:00:00 14.825797 8.611317 7.703800
2021-07-19 17:00:00 9.214092 9.214092 7.605142
2021-07-18 17:00:00 6.928702 6.928702 7.416945
2021-07-17 17:00:00 7.911924 7.911924 7.199191
2021-07-16 17:00:00 10.255792 10.255792 6.921377
2021-07-15 17:00:00 6.508391 6.508391 6.520743
2021-07-14 17:00:00 5.437500 5.437500 6.336614

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.182461 3.182461 2.529357
Basilicata 9.712230 3.597122 3.394836
Calabria 1.674277 1.674277 3.041346
Campania 10.373998 10.373998 8.536673
Emilia-Romagna 8.932883 8.932883 12.838665
Friuli Venezia Giulia NaN 0.000000 1.280375
Lazio 15.129971 12.286355 11.813831
Liguria 3.691112 3.691112 2.918334
Lombardia 4.683544 4.683544 4.315734
Marche 4.173107 4.173107 3.893419
Molise 0.000000 0.000000 2.418466
P.A. Bolzano 15.725806 6.653226 7.391756
P.A. Trento 4.246575 4.246575 3.464317
Piemonte 2.780310 2.780310 2.047371
Puglia 3.348681 5.342237 4.013793
Sardegna 6.875296 6.875296 6.100246
Sicilia 8.451998 12.339332 8.952605
Toscana 3.434261 3.434261 3.758421
Umbria 9.870130 5.086470 3.786019
Valle d'Aosta 1.282051 1.282051 0.733274
Veneto 14.825797 8.611317 7.703800

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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